آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم کلروپلاست پنبۀ دیپلوئید (Gossypium herbaceum) و مقایسه آن با دو گونۀ آلوتتراپلوئید

Authors

  • ایرج برنوسی دانشیار گروه اصلاح‌نباتات و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران
  • فرشید طلعت استادیار، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی آذربایجان غربی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، ارومیه، ایران
  • مهدی بدری انرجان کارشناس‌ارشد اصلاح‌نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران
  • هاجر نصراللهی کارشناس‌ارشد اصلاح‌نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران
Abstract:

هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنوم‌های A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونه‌های دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالی‌های ژنوم سه گونه از سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی برداشت شده است. موقعیت هر کدام از ژن‌ها، تعداد نوکلئوتید‌ها، نواحی بین ژنی و اینترون‌ها مشخص گردید. ژنوم کلروپلاست G. herbaceum دارای 160140 جفت‌‌باز بوده و ساختمان چهاربعدی حفاظت شده دارد. نواحی تک نسخه‌ای ژنوم کلروپلاست، توسط دو ناحیه‌ تکرار معکوس از هم جدا شده که ناحیه‌ تک نسخه‎‌ای بزرگ دارای 88709 جفت ‌باز، ناحیه‌ تک نسخه‌ای کوچک 20221 جفت ‌باز بوده و هر ناحیه‌ تکرار معکوس 25605 جفت باز دارد. ژنوم پلاستیدی 114 ژن تک نسخه‌ای و 19 ژن دو نسخه‌ای دارد که ژن‌های تک نسخه‌ای شامل 79 ژن رمزکننده‌ پروتئین، 4 ژن rRNA ریبوزومی و 31 ژن tRNA است. نتایج نشان داد میان ژن‌های پلاستیدی فقط 18 ژن دارای 2-1 اینترون هستند که در مقایسه با ژنوم کلروپلاست دو گونه آلوتتراپلوئیدی ژن ycf15 تنها ژن دو نسخه‌ای موجود در G. herbaceum بود. در G. herbaceum و G. barbadense ژن rpl22 وجود داشت ولی ژن ycf15 در G. barbadense، ژن های rpl22 و ycf15 در G. hirsutum از دست رفته اند. با وجود میزان بالای حفاظت SSRها در ژنوم کلروپلاست این SSRها به دلیل بازده بالا در مقابل SSR ژنومی برای آنالیز تنوع ژنتیکی مفید هستند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

آنالیز بیوانفورماتیک کدونی ژنوم کلروپلاست گونه های دیپلوئید و مقایسه با ژنوم دو گونه تتراپلوئید پنبه

تجزیه کاربردی کدون اهمیت ویژه‌ای در بهینه‌سازی سامانه بیان ژن‌ها در تولید پروتئین دارد. جنس گوسیپیوم مهمترین گیاه تولیدکننده الیاف در دنیای جدید می‌باشد. در این تحقیق توالی کامل ژنوم کلروپلاست دو گونه‌ G.thurberi و G.arboreum توسط نرم افزار کدونW مورد مطالعه و تجزیه قرار گرفت. تجزیه کدون‌های دارای ترادف (RSCU) برای 57 ژن کدکننده پروتئین در ژنوم کلروپلاست این دو گونه به منظور دستیابی به فاکتورها...

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

Genetic Investigations of the Whorled Mutant in Gossypium Herbaceum.

WHORLED mutant in G. herbaceum has been reported from the Agricultural A Research Station, Surat, Bombay State, India, by CHAVDA and PATEL (1954). It had some phenotypic resemblance to the cluster-short branch mutant reported previously (PATEL, MUNSHI, and PATEL, 1947) the important common characteristic being short one-noded fruiting branches terminating in more than one flower bud. While the ...

full text

Construction of Genetic Linkage Map and QTL Analysis for Fiber Traits in Diploid Cotton (Gossypium arboreum x Gossypium herbaceum)

Diploid A genome cottons are grown for their natural fiber in drought prone areas of Asia. Although they possess inferior fiber qualities to cultivated Upland and Pima cotton, their value lies in their inherent resistance to pests and diseases. Molecular linkage maps provide essential tools for plant genetic research, facilitating quantitative trait locus (QTL) mapping, marker-assisted selectio...

full text

بیوانفورماتیک و پایگاه‌های اطلاعاتی ژنوم غلات (مطالعه موردی برنج)

پیشرفت فناوری­های نوین و سرعت تحقیقات علم ژنتیک منجر به تولید حجم بالای اطلاعات ژنتیکی در زمینه‌های مختلف نظیر توالی نوکلئوتید‌ها و اسید‌های‌آمینه، عملکرد ژن‌ها و پروتئین‌ها، جهش‌یافته‌ها و فنوتیپ‌های آن‌ها، نشانگرها و استفاده از آن‌ها و موضوعات مرتبط شده است. علاوه بر حجم زیاد اطلاعات ژنتیکی، این اطلاعات پیچیده و دارای تفاوت‌های ظریف در روش‌های آزمایشی هستند که می‌توانند در کیفیت و تفسیر اطلاع...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 7  issue 20

pages  1- 12

publication date 2018-02-20

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023