آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم کلروپلاست پنبۀ دیپلوئید (Gossypium herbaceum) و مقایسه آن با دو گونۀ آلوتتراپلوئید

هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنوم‌های A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونه‌های دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالی‌های ژنوم سه گونه از سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی برداشت شده است. موقعیت هر کدام از ژن‌ها، تعداد نوکلئوتید‌ها، نواحی بین ژنی و اینترون‌ها مشخص گردید. ژنوم کلروپلاست G. herbaceum دارای 160140 جفت‌‌باز بوده و ساختمان چهاربعدی حفاظت شده دارد. نواحی تک نسخه‌ای ژنوم کلروپلاست، توسط دو ناحیه‌ تکرار معکوس از هم جدا شده که ناحیه‌ تک نسخه‎‌ای بزرگ دارای 88709 جفت ‌باز، ناحیه‌ تک نسخه‌ای کوچک 20221 جفت ‌باز بوده و هر ناحیه‌ تکرار معکوس 25605 جفت باز دارد. ژنوم پلاستیدی 114 ژن تک نسخه‌ای و 19 ژن دو نسخه‌ای دارد که ژن‌های تک نسخه‌ای شامل 79 ژن رمزکننده‌ پروتئین، 4 ژن rRNA ریبوزومی و 31 ژن tRNA است. نتایج نشان داد میان ژن‌های پلاستیدی فقط 18 ژن دارای 2-1 اینترون هستند که در مقایسه با ژنوم کلروپلاست دو گونه آلوتتراپلوئیدی ژن ycf15 تنها ژن دو نسخه‌ای موجود در G. herbaceum بود. در G. herbaceum و G. barbadense ژن rpl22 وجود داشت ولی ژن ycf15 در G. barbadense، ژن های rpl22 و ycf15 در G. hirsutum از دست رفته اند. با وجود میزان بالای حفاظت SSRها در ژنوم کلروپلاست این SSRها به دلیل بازده بالا در مقابل SSR ژنومی برای آنالیز تنوع ژنتیکی مفید هستند.